1998年金融风暴对香港社会(包括娱乐界)造成严重打击,自己为求事业有突破,参与由王晶监制的《赤裸凌迟》作性感演出。但由于当年翻版加上影片被批评为太血腥关系,票房未有预期中理想,但为甄楚倩增加相当多登台机会揾真银。直到2000年,传出未婚怀孕,并于2001年诞下一名儿子,自此暂别娱乐圈。暂别娱乐圈的最后音乐作品为迪士尼卡通The Lion King《狮子王》主题曲Circle of life中文版《旋转的世界》, 甄楚倩的版本受到中外乐迷赞赏, 在Youtube有近十万人次看过这影片。
2007年是入行第20个年头,歌迷都纷纷撰文及建立网站来怀念她。有歌迷更把她的旧作重新取样(sampling),加入杨千嬅的读白成为新版《笑一笑》——2007年网上最受欢迎合唱歌之一。2008年1月香港电台深夜节目《轻谈浅唱不夜天》人气 DJ Fion更加用了《深夜港湾》及原装日文版《秋樱》(山口百惠原唱)作为宣传声带。